Berikutan PKP bermula Mac 2020, misa-misa Anglikan dan Katolik utama di Malaysia Barat serta di Sabah dan Sarawak ditunda,[5] sementara acara kebudayaan tahunan di Sabah seperti Kaamatan (Kadazan-Dusun) dan Kalimaran (Murut) telah dibatalkan.[6][7] Walaupun solat Jumaat (kecuali negeri Perlis pada 13 Mac)[8] tidak ditangguhkan pada tahap awal wabak ini, Yang di-Pertuan Agong Malaysia menyeru agar khutbah dilakukan dengan lebih pendek dan setiap masjid di negara ini mesti diberikan termometer dahi, pembersih tangan dan topeng muka sebagai sebahagian langkah-langkah pencegahan.[9] Tatacara khutbah dan solat Jumaat telah dikeluarkan oleh Menteri Hal Ehwal Agama Malaysia.[10] Akhirnya pada 17 Mac, semua aktiviti masjid dan surau termasuk khutbah Jumaat dan sebarang solat berjemaah ditangguhkan oleh pihak negeri termasuk Yang di-Pertuan Agong dan para mufti negara.[11] Selain itu, Festival Qingming etnik Cina Malaysia ditangguhkan sementara festival kuil Hindu dan perhimpunan Vaisakhi telah dibatalkan.[12][13]

Pada 28 Mei, Kementerian Perpaduan Nasional mengumumkan bahawa sejumlah 174 buah rumah ibadat bukan Islam telah dibenarkan untuk beroperasi semula dari 10 Jun mengikut tatacara operasi piawai bagi rumah-rumah ibadat di Zon Hijau termasuk jumlah maksimum 30 orang pengunjung, dan tertakluk kepada keluasan bangunan. Rumah ibadat ini termasuk yang berada di bawah Fo Guang Shan; Keuskupan Agung Katolik Rom Kuala Lumpur, National Evangelical Christian Fellowship, Hindu Sangam, Majlis Gurdwara, dan Persekutuan Persatuan Tao Malaysia. Perkahwinan di kuil, gereja, dan persatuan agama ditangguhkan sehingga 31 Julai 2020.[14]

Pada 15 Jun, Menteri Kanan Ismail Sabri Yaakob mengumumkan bahawa semua 5,230 buah rumah ibadat bukan Islam dibenarkan untuk dibuka semula tetapi mesti mematuhi garis panduan jarak sosial termasuk mengambil maksimum sepertiga daripada kapasiti lazim dan menghendaki para hadirin memuat turun aplikasi MySejahtera.[15]

Pada 3 Julai, Menteri di Jabatan Perdana Menteri (Hal Ehwal Ugama) Dr Zulkifli Mohamad Al-Bakri menjelaskan bahawa warga asing tidak dibenarkan menghadiri solat berjemaah di masjid dan surau sehingga pihak jabatan mengkaji laporan daripada Jabatan Agama Islam Wilayah Persekutuan mengenai keadaan di masjid dan surau.[16]

Berikutan gelombang kes ketiga pada akhir tahun 2020, beberapa komuniti agama Kristian termasuk Keuskupan Agung Katolik di Kuala Lumpur, SIBKL, dan Injil Penuh memindahkan upacara ibadah dan koir mereka secara dalam talian ke Facebook, YouTube dan aplikasi muzik.[17][18]

Akibat kes-kes yang berterusan pada bulan Mei 2021, perjumpaan dan perjalanan keluarga Hari Raya Aidilfitri (balik kampung) yang dijadualkan pada sekitar 12-13 Mei tidak dibenarkan oleh pihak Malaysia kerana sekatan PKP.[19] Solat berjemaah di masjid dan lawatan kubur adat telah dilakukan di bawah TOP ketat termasuk pemeriksaan jarak fizikal dan suhu.[20]